民國99年(2010年)台南縣、市合併，兒童科學館與大內區的南瀛天文館合併為「台南市南瀛科學教育館」，南瀛科教館為提供兒童更佳的科學體驗空間，進行兒童科學館內部空間重新整修規劃，並採定期舉辦科學特展的方式，期能發展多樣貌的科學操作體驗展示，提升台南市科學教育能量，發揮兒童科學館的在地功能，102年定名為「兒童科學館」，以強化識別印象。

民國103年(2014年)，兒童科學館整修完成，由國立自然科學博物館提供協助，展出福蝶‧Formosa (2014.12.20~2016.11.13)、聲光饗宴(2014.12.20~2015.11.15)兩個特展，命名為「蛻變新生~蝶與光雙特展」，為內部整修後重新開幕首展，往後每年皆更換特展，帶給民眾新鮮感受。

台南市兒童科學館內還附設兩大親子科學遊戲區:

【方棟2樓】【科學魔法之森】 益智動能遊戲室 九大遊戲區
森林急急棒 X 渡河拱橋 X 蘑菇傳輸站
蘑菇扭阿扭 X 噗噗空氣砲 X 敲敲打打彈珠檯
水分能量傳輸 X 大樹養成計 X 漂流池塘仰式大賽

【方棟3樓】【積木之森】~ 益智積木遊戲室 八大遊戲區
繽紛積木區 X 原木積木區X火車軌道區 X 滾球軌道區
歡樂露營區 X 益智積木及教具區 X 球池區 X 寶寶區

親子科學遊戲區參觀資訊:
對象：限定 0-12歲兒童，需由成人陪同入場。
時段：周三~日開放，每日開放4場，場次間將清場進行整理。
第1場 09:10-10:30
第2場 10:40-12:00
第3場 13:30-14:50
第4場 15:00-16:20

收費：
每場60元/人，一歲以下免費。
請於1F服務台結帳，憑手章入場。

※　積木之森，為衛生考量，親子需穿襪子入場。
※　請準時入場，場次時間結束將清場，所有來賓均需離場，遲到少玩的時間不得補玩。

https://tcsm.tn.edu.tw/kids/page/03694714-ee5e-11ee-a966-7dc973109362